药学专业毕业论文参考题目示例如下：
1. 药物相互作用机制的研究：基于生物信息学的方法
2. 纳米技术在药物制剂中的应用：机遇与挑战
3. 天然药物的化学成分及生物活性的研究：分子标记及分析化学方法
4. 药物研发中的副作用预测：基于机器学习的方法
5. 药物代谢途径的研究：基于化学和生物信息学的方法
6. 药物基因组学：药物对人类基因组的影响及基因组学药物设计
7. 生物药物的制备与治疗癌症的新方法研究：纳米技术的应用
8. 药物代谢途径的调控机制研究：基于分子标记及基因组学方法
9. 新型药物传递系统的研究和开发：基于生物传感器及微流控技术
10. 药物基因组学及药物相互作用研究：基于计算机模拟的方法
以上仅是一些药学专业毕业论文参考题目的示例，您可以根据自己的兴趣和专业方向选择适合自己的题目。